Moduly EDI zvyčajne pozostávajú z niekoľkých kľúčových komponentov, ktoré spolupracujú na štandardizácii a automatizácii prenosu údajov medzi podnikmi. Všeobecne povedané, možno ich rozdeliť na vrstvu konverzie údajov, vrstvu prenosu komunikácie, vrstvu obchodného mapovania a vrstvu systémovej integrácie, pričom každá má svoje vlastné zodpovednosti.
Modul konverzie a mapovania údajov je jednou zo základných súčastí EDI. Zodpovedá za konverziu nespracovaných údajov z interných podnikových systémov (ako sú údaje ERP alebo CRM) do správ EDI v súlade so štandardnými formátmi, ako sú EDIFACT alebo ANSI X12. Zároveň je zodpovedný aj za spätnú analýzu údajov od externých partnerov a ich konverziu na štruktúrované údaje rozpoznateľné internými podnikovými systémami. Pravidlá mapovania polí a pravidlá overovania údajov zohrávajú v tomto procese kľúčovú úlohu.
Komunikačný a prenosový modul je primárne zodpovedný za bezpečný prenos EDI správ medzi rôznymi podnikmi. Medzi bežné metódy patria siete VAN, protokoly AS2 alebo metódy prenosu založené na -rozhraní API. Tento modul zvyčajne obsahuje aj fronty správ, mechanizmy opakovania a monitorovanie stavu prenosu na zabezpečenie spoľahlivého doručovania údajov aj v zložitých sieťových prostrediach.
Modul systémovej integrácie a správy sa používa na zabudovanie možností EDI do existujúcich podnikových systémov podniku. Zvyčajne je hlboko integrovaný s ERP, WMS alebo systémami riadenia dodávateľského reťazca na automatizáciu obchodných procesov, ako je spracovanie objednávok, preprava a odsúhlasenie. Súčasne tento modul poskytuje funkcie protokolovania, spracovania výnimiek a monitorovania, čím uľahčuje sledovanie a správu procesov výmeny údajov pre podniky.