Hlavná konfigurácia EDI modulov sa zvyčajne točí okolo troch oblastí: komunikačná interoperabilita, spracovanie dát a obchodná spolupráca. To zaisťuje stabilnú a presnú výmenu obchodných údajov medzi rôznymi podnikovými systémami. V praxi sú tieto konfigurácie vo všeobecnosti dokončené v rámci integračnej platformy alebo middlewaru a prispôsobené podľa požiadaviek rôznych partnerov.
Konfigurácia komunikačnej vrstvy sa zameriava na nastavenie metódy interoperability a bezpečnostných parametrov, ako je použitie prenosových protokolov, ako sú siete AS2, SFTP alebo VAN. Vyžaduje tiež konfiguráciu identifikačných informácií (Partner ID), certifikátov, metód šifrovania a podpisových pravidiel oboch komunikujúcich strán, aby sa zabezpečila bezpečnosť a integrita dát počas prenosu. Okrem toho do tejto časti spadajú aj nastavenia frontu správ, mechanizmy opakovania a pravidlá časového limitu, ktoré sa používajú na zlepšenie spoľahlivosti prenosu.
Konfigurácia údajov a podnikania zahŕňa najmä definície typov správ, pravidlá mapovania polí a pravidlá konverzie formátu. Dátové štruktúry sa medzi podnikmi často líšia, takže na mapovanie interných systémových polí na polia štandardu EDI sú potrebné konfigurácie mapovania. Konfigurujú sa aj pravidlá spúšťania podnikania, ako napríklad generovanie objednávok, spätná väzba zásielok alebo cykly zosúlaďovania, čo umožňuje začlenenie výmeny údajov EDI do špecifických obchodných procesov.